Слово «насмарку» имеет корень «мар», который также встречается в слове «марать» – наносить грязь на чистую поверхность. В конце XIX века употребляли глагол «сморать» или «смарывать», обозначавший «убрать, очистить, стереть написанное, расквитаться с долгами». Чаще всего слово употребляли в последнем значении. В карточных играх на деньги ставки записывали мелом по сукну игрового стола. В конце каждого этапа игры устаревшие записи стирали, они шли «на смарку». Специфический игровой термин проник в русскую классическую литературу, а его первоначальное значение к середине XX века забыли.
По другой версии, смаркой на Руси называли верхний слой деревянной доски для записей. Как только написанное на дереве теряло актуальность, верхний слой счищали и вырезали новую информацию, так пока доска не придёт в негодность.
Считают, что фразеологизм «пойти насмарку» позаимствовали из речи чертёжников, которые из‑за ошибки смарывали, то есть стирали, созданное.
При этом «насмарку» не имеет ничего общего с насморком. В праславянском языке «сморкать» значило «пачкать, грязнить». На первый взгляд, кажется, что глагол связан с наречием «насмарку», но такое впечатление ошибочно. Если в слове «насморк» одна приставка «на», то в «насмарку» их две («на» и «с»). У них разные корни, но сходные по значению.
В XIX веке слово писали раздельно. Оно было не наречием, а предлогом с существительным. Однако уже в Советской России написание изменилось, потому что слово «смарка» не употребляли. Сейчас «насмарку» пишется слитно.